追求利益是各协同主体参与协同创新的前提和基本动力，也是各协同主体最为关心的问题。各个创新参与者都想获得最大的效益价值。对于高等院校和科研院所来讲，要通过开展国家急需的战略性研究、探索科学技术尖端领域的前瞻性研究、涉及国计民生重大问题的公益性研究，把创新人才培养、学科交叉集成、体制机制改革和重大问题解决紧密地结合在一起，进而通过校校、校所、校企、校地及国际合作协同创新，为创新人才培养提供新的模式和平台，实现创新能力、人才培养质量和社会声誉的同步提升。其中，高校的社会声誉体现为：通过协同创新，学术水平得到发展，办学效益和教育质量水平得到提高，有利于吸引更多优秀人才加入其科研队伍，提高学校的竞争力、适应社会需要的能力及可持续发展的能力，进而提升其国际学术影响力和学术话语权。而企业希望通过协同创新来提高自身产品开发和技术创新的能力，为获取更多的经济利益提供基础和依靠力量，让自己的产品服务能更好地同步于社会发展，保持自己在社会市场竞争中的优势。
由于多个创新主体参与，因此协同创新过程的利益冲突不可避免。协同创新过程的利益冲突主要体现在显性利益的分割当中。例如，一些国家级协同创新中心在得到国家、省级政府的资金和政策支持后，牵头高校内部与协同单位之间会由于资金分配发生矛盾，也会由于博士研究生招生指标的分配产生争议甚至纠纷。单位之间矛盾出现的根本原因在于：一是没有想到能够得到国家或者省级认可，申报前大家彼此关系不错，碍于面子不好拒绝这件好事；二是国家“2011计划”资金管理办法迟迟未能出台，各个中心在经费划拨与支出方面小心翼翼，参与的协同单位得不到实质性的利益因而积极性不高。其直接后果就是部分中心形同虚设，大家依然各自为战，没有形成真正的合力，难以出现大成果、做出大贡献。单位内部的利益冲突主要在于：以某一国家重点学科为基础所申报的协同创新中心，一般是所在学校的大院、强院，个别学院与之相关的交叉学科知名专家部分参与中心工作，也能够在中心获得部分报酬和奖励，但是大部分学院、职能处室和教职员工对此了解不够、热情不够、参与度不够，因此师生员工之中出现了一些抱怨。
协同创新过程的利益协调是协同创新健康可持续进行的重要保证。高校是知识库和创新源，高校的科研成果只有通过企业进行成果孵化和产业化，才能被市场广泛吸收，服务社会经济生活，实现经济利益；企业只有生产出技术领先、竞争力强的产品，才能使产品的市场优势明显，取得更好的经济效益。因此，企业可以通过横向课题、联合攻关等形式与高校开展产学研合作，高校的创新成果通过企业的试制、改进和包装，产业化后才能走向市场。要千方百计通过各种努力消除信息不对称过程中的彼此不信任感，要对各方的协同工作进行评估，对各方付出的价值进行权衡，找到利益分配的契合点，从而解决好协同过程中的利益分配问题。
对于协同创新过程的利益冲突，需要以牵头高校为主体，建立各层次利益诉求渠道，积极、主动协调解决各种冲突和纠纷，在协调过程中需要处理把握好以下方面：
把握大局观念。协同创新中心的一些利益冲突直观表现是单位之间、个人之间、个人与单位之间的矛盾，究其实质则是局部与整体之间的矛盾。在具体协调工作中，要做到任何协调活动都不得以牺牲整体利益为代价。无论是牵头高校或协同单位都必须树立大局观念，在确保中心整体利益条件下，适当考虑个人利益与单位利益。同时作为牵头高校的协调措施能否被其他协调对象认可，取决于牵头高校及其拟定的协调措施是否客观公正。它包括协调措施是否充分考虑到协调对象的建议与利益诉求，是否维护了协调对象的根本利益与长远利益，是否有利于协调对象的持续发展等。本位主义的协调措施不可能被接受，更难以收到好的效果。
把握以人为本。上述一些矛盾和冲突的解决，需要牵头高校换位思考、以人为本，围绕协同目标去分析问题的本质，强调求同存异、相互理解；强调摆事实、讲道理和民主协商；强调在互相理解、互相尊重的前提下，寻求能够共同接受的解决问题的方法途径。同时，协调工作要紧紧围绕以人为本展开，把尊重人、关心人和理解人贯彻始终。
把握灵活机动。毫无疑问，协同创新活动必须遵循国家的方针政策、法律法令及中心既定的各种规章制度。在这些条件下，协调的时机、方式可以根据需要灵活变通，而且可以根据协调工作进展情况与实际需要不断调整，在矛盾与冲突各方找到共同点，拟定出能够共同接受的解决问题的方法措施。
总之，应当充分把握协同单位的各自特性，有效连接和沟通各协同创新主体，使之成为协同创新长期、稳定发展的动力保障。
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